สถานวิจัยสารสนเทศภูมิศาสตร์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เป็นหน่วยงานภายใต้สังกัดคณะการจัดการสิ่งแวดล้อม ตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2548 จนถึงปัจจุบัน เดิมเป็นฝ่ายข้อมูลทรัพยากรธรรมชาติและการจัดการสิ่งแวดล้อมลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา จัดตั้งตามมติ คณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2530 ให้เป็นหน่วยงานสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยประกาศทบวงมหาวิทยาลัย ฉบับที่ 14 พ.ศ. 2534 ลงวันที่ 9 สิงหาคม 2534 ทำหน้าที่เป็นหน่วยงานกลางรับผิดชอบในการประสานงานและวางระบบการจัดเก็บข้อมูลด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา โดยจัดเก็บในลักษณะฐานข้อมูลภายใต้ระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ (Geographic Information System : GIS) เพื่อให้บริการข้อมูลแก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนา วางแผน การบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมทั้งภาครัฐและเอกชน ปัจจุบันได้ให้บริการข้อมูลการวิจัย การถ่ายทอดเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ และเป็นที่ปรึกษาโครงการด้านสารสนเทศภูมิศาสตร์ และการสำรวจข้อมูลจากระยะไกล (GIS&RS) ครอบคลุมพื้นที่ภาคใต้

ศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (ภาคใต้) จัดตั้งโดยความร่วมมือระหว่างสำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เพื่อวางรากฐานและแนวทางในการนำเทคโนโลยีภูมิสารสนเทศมาใช้ประโยชน์ในการพัฒนาประเทศอย่างทั่วถึง และเพื่อส่งเสริมให้มีการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีภูมิสารสนเทศให้แพร่หลายมากยิ่งขึ้น สามารถนำไปใช้ปฎิบัติงานการจัดการทรัพยากรและสิ่งแวดล้อมได้อย่างมีประสิทธิภาพและเป็นรูปธรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในระดับท้องถิ่นทุกภูมิภาคของประเทศไทย สำนักงานพัฒนาเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศ (องค์การมหาชน) จึงได้ร่วมมือกับสถาบันการศึกษาในภูมิภาค เพื่อจัดตั้งศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศขึ้น โดยได้มีการลงนามในบันทึกความร่วมมือการจัดตั้งศูนย์ภูมิภาคระหว่างสำนักงานฯ และมหาวิทยาลัยในภูมิภาค 5 แห่ง ได้แก่ ศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศภาคใต้ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ศูนย์ภูมิภาคฯ ภาคเหนือ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ศูนย์ภูมิภาคฯ ภาคเหนือตอนล่าง มหาวิทยาลัยนเรศวร ศูนย์ภูมิภาคฯ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มหาวิทยาลัยขอนแก่น และศูนย์ภูมิภาคฯ ภาคตะวันออก มหาวิทยาลัยบูรพา